Michael Schultze, ou Schultheiss (Prætorius étant la latinisation de son nom), est né à Creuzburg an der Werra, en Thuringe, dans le centre de l'Allemagne, le 15 février 1571. Il suit des études de théologie et de philosophie et apprend à parler couramment plusieurs langues. Après des études de musique, il devient organiste à Francfort en 1587 ; puis, après avoir été maître de chapelle (Kapellmeister) à Lunebourg, il devient, en 1592 ou 1593, secrétaire du duc Henri-Jules de Brunswick-Wolfenbüttel à la cour de Wolfenbüttel, où il est aussi organiste, puis nommé Kapellmeister en 1604. À partir de 1613, il est également au service de Jean-Georges Ier, prince-électeur de Saxe, à la cour de Dresde, où il est responsable de la musique des festivités.

Prætorius est considéré comme l'un des meilleurs compositeurs luthériens, et il a laissé une œuvre considérable. Pour la seule musique religieuse, il compose plus de mille pièces vocales et instrumentales, dont certaines figurent toujours dans les recueils de cantiques protestants. De plus, Prætorius transcrit de nombreuses œuvres dites « populaires » ou « traditionnelles » car issues du folklore allemand ; il a également publié, en 1612, Terpsichore musarum (dans la mythologie grecque antique, Terpsichore est la muse de la danse), un imposant recueil de 300 compositions associées à la danse, qui constitue son plus important legs de musique profane.

Ses compositions sacrées sont largement inspirées par la musique italienne, plus particulièrement par l'école vénitienne, mais également par son jeune contemporain allemand Heinrich Schütz, avec qui il collabore à la cour de Dresde. Il emprunte à l'école vénitienne la forme du grand motet à double chœur avec accompagnement de cuivres, qu'il emploie régulièrement pendant sa carrière.

En 1609, il signe un arrangement d'Es ist ein' Ros' entsprungen (Dans une étable obscure), un chant de Noël traditionnel allemand du XVIème siècle - aujourd'hui sa composition la plus universellement connue. L'ensemble de son œuvre et son style unique se sont transmis grâce aux centaines d'élèves qu'il forme à l'orgue et au chant au cours de sa vie.

Il est également célèbre pour avoir écrit une remarquable encyclopédie, le Syntagma musicum (1619), un traité de musique qui étudie très précisément les divers genres musicaux utilisés depuis l'Antiquité, ainsi que des instruments de musique, une somme quasi exhaustive qui est encore aujourd'hui d'un intérêt considérable.

Michael Prætorius meurt à Wolfenbüttel, à l'âge exact de 50 ans, le 15 février de l'année 1621.